Il toponimo deriverebbe da Ara Panis (altare dedicato dai romani al dio PAN). Secondo la tradizione i romani per celebrare la sanguinosa e dura vittoria sui Sanniti Caudini ( 298- 295 a.C) edificarono sette altari intorno ai quali sarebbero successivamente nate le colonie romane di Arpaia, Airola, Cervinara, Montesarchio, S.Martino, Pannarano e Ceppaloni. Tuttavia nel periodo longobardo, normanno e poi svevo, non si hanno notizie sull’abitato, ma è plausibile che l’area fosse abitata. Compare invece in un documento del 1320 col nome di PONDERANO o PANDARANO, ma sul corretto significato del termine ( ricco di grano, pantano o altura, secondo un vocabolo greco-bizantino) le definizioni restano alquanto incerte. L’abito originario, in parte ancora visibile, sorgeva in posizione più elevata ai piedi del Monte Melone (867m.). In località Piedimonte e Canale infatti sono stati rinvenuti ruderi di un edificio di culto ed alcune tombe datate al IV- III sec a.C. Le prime testimonianze scritte risalgono tuttavia al XIV secolo. Dal Trecento infatti, a seguito del matrimonio fra Guglielmo della Leonessa con Isabella Stendardo, Pannarano fu feudo della famiglia della Leonessa. Dopo l’alienazione a Martino Marziale di Napoli, regio
consigliere di Ferdinando I d’Aragona, morto senza eredi, il feudo tornò alla Corona e Federico d’Aragona lo donò a Giovannantonio Caracciolo il 5 maggio I498. I Caracciolo, del ramo Caracciolo-Rosso tennero il feudo sino al XVIII secolo col titolo di Marchesi di Pannarano e duchi di Lauriano.
Seguirono poi gli Abate ed i Cocozza-Campanile fino all’eversione della feudalità. La dominazione borbonica coincise con un periodo di forte sviluppo, tra il ‘700 e l’800 si assistette di fatti alla crescita economica e demografica di Pannarano, espressione delle quali furono la costruzione di nuove abitazioni signorili, di carattere neoclassico, con corte interna, loggiato a scala scoperta. Con l’unità d’Italia Pannarano viene trasferito dal Principato Ultra (oggi provincia di Avellino) alla nascente Provincia di Benevento. L’agricoltura ed in particolare la produzione enologica (Aglianico di Pannarano) costituirono fino agli anni 1930-40 la maggiore risorsa economica del paese, ma la Fillossera, insetto di origine americana arrivato in Europa alla metà del secolo scorso e diffusosi rapidamente, ne distrusse tutti i vigneti causando un repentino declino economico. Come diretta conseguenza Pannarono registrò una forte emigrazione verso il Nord Italia ed oltralpe.